يتعرض معتقلو ترحيلة وادي النطرون بسجن شبين الكوم العمومي للانتهاكات؛ حيث تم تجريدهم تماما من كل متعلقاتهم الملابس والأدوية والاغطية والطعام وتقطيع الملابس والأغطية أمامهم.

هذه الانتهاكات كشفت عنها منظمات حقوقية، حيث تحدثت عن قيام قوات أمن الانقلاب بضرب المعتقلين، وإلقائهم في غرفة التأديب ومنعهم من الذهاب إلى الحمام، بالإضافة لمنع التريض أو الخروج من الغرفة، ولا يوجد كانتين لسد جوعهم.

كما يمنع مجرمو سجن شبين الكوم كل شيء الألبان والنواشف والحلويات والفاكهة، كما يتم دخول وجبة لفرد فقط بعد تفتيش الاكل بحيث يصبح الطعام بعدها غير صالح للاستخدام الآدمي، كما لا يستطيع أهالي المعتقلين زيارة ذويهم.

ونظرا لهذه الأوضاع الفجة قام المعتقلون بالدخول في إضراب للاعتراض على سياسة السجن غير الآدمية، ورفض المعتقلون إجراء الفحوصات اللازمة لهم بالمستشفى رغم حالاتهم الحرجة.