ولد عبد الفتاح إسماعيل عام 1925 في كفر البطيخ مركز كفر سعد بمحافظة دمياط، ونشأ نشأة ملتزمة بتعاليم الدين، وعُرف باستقامته وتقواه وتواضعه.

وعمل في تجارة الحبوب والغلال، بالإضافة إلى كونه أحد أهم رموز جماعة الإخوان المسلمين.

تأثر إسماعيل بفكر مؤسس جماعة الإخوان المسلمين الإمام حسن البنا وطريقته الإصلاحية، وانضم إلى الجماعة في وقت مبكر، وكان عضوا فعّالا في أنشطتها، وأعجب بكتابات سيد قطب وحركته التجديدية.

اعتقل بعد حادث المنشية الذي لفقت فيه همة محاولة اغتيال جمال عبد الناصر عام 1954 لجماعة الإخوان، ولبث في السجون سنوات طويلة، تعرض خلالها لشتى صنوف التعذيب.

وشهد الصحفي جابر رزق تعذيبه فقال "لقد رأيته عدة مرات في مكتب شمس بدران (وزير الحربية) ممزق الوجه والكتفين وممزق الأقدام، مكسور الذراع مكسور الساق".

وقال عنه أحد رفاقه في السجن "أستطيع أن أشهد شهادة يحاسبني الله عليها أن الشهيد عبد الفتاح إسماعيل كان من أصلب الإخوان المسلمين الذين دخلوا السجن الحربي إرادة، إن لم يكن أصلبهم على الإطلاق".

وبعد الإفراج عنه عاد إلى نشاطه السابق وحيويته، فأعيد اعتقاله في القضية رقم 12 لعام 1965 (تنظيم 65)، وكان الاتهام قد وجه للمئات من جماعة الإخوان المسلمين بمحاولة إحياء التنظيم، وتم تحويل القضية إلى محكمة أمن الدولة العليا.

واتهم بالعمل على إحياء "منظمة محظورة" وبيع أملاكه ليصرفها على التنظيم، وقدّم أمام محكمة عسكرية برئاسة الفريق أول محمد فؤاد الدجوي.

أثنت الحاجة زينب الغزالي، على إخلاصه لمؤسّس الجماعة وتفانيه في خدمة أهدافها فقالت "كان الشهيد عبد الفتاح إسماعيل من أخلص المريدين لحسن البنا والمقرَّبين إلى قلبه.. وبرهنت الأحداث أنه كان جديرا بهذا القرب وهذه الرعاية من الشهيد حسن البنا، فبعد خروجه من السجن في سنة 1956، كان مصمما تصميما لا يداخله شك أو ضعف أو تردد على إعادة الإخوان المسلمين إلى ما كانت عليه".

حكم عليه بالإعدام فيما عرف بتنظيم 65، وعندما نطق الفريق الدجوي بالحكم صاح قائلا "فزت ورب الكعبة".

ونُفّذ فيه حكم الإعدام صبيحة 29 أغسطس 1966 هو ورفيقاه سيد قطب ومحمد يوسف هوّاش.